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AlphaFold破解地球几乎所有已知蛋白质结构,可预测种类达2.14亿 | 科研圈日报

科研圈 2022-09-05
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· 人工智能


AlphaFold 破解地球几乎所有已知蛋白质结构,可预测种类达 2.14 亿


图片来源:DeepMind官网 


7 月 28 日,DeepMind 公司在其官网公布了一项突破性成果,该公司和欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)合作通过 AlphaFold 成功预测了超过 100 万种生物的 2.14 亿个蛋白质的三维空间结构,涵盖了地球上几乎所有已知的蛋白质。这些蛋白质结构目前已公布在这 2 个机构共同创建的公开数据库 AlphaFold DB 中,且会作为基本信息显示在常用的数据库 UniProt、Ensembl 和 OpenTargets 中,方便研究人员使用。此外,科学家还可以在谷歌云公开数据库(Google Cloud Public Datasets)中批量下载这些蛋白质结构。


据《自然》新闻(Nature News)消息,EMBL-EBI 确认在预测的 2.14 亿个蛋白质结构中,有 35% 是高度准确的(达到了实验室测定的结构精度),80% 的蛋白质结构的可靠性足以用于多项后续的研究和分析。这些蛋白质结构数据或将极大地推动生物和医药领域的发展,促进疫苗开发、癌症研究和塑料降解等多个领域的研究工作。(DeepMind、Nature News)



· 公共卫生


第四例功能性治愈的艾滋病患者


据法新社消息(AFP),7 月 27 日,美国加利福尼亚州希望之城国家医学中心(City of Hope National Medical Center)的研究团队宣布,他们成功功能性治愈了一名 66 岁的男性艾滋病患者。该患者是全球第 4 例通过骨髓干细胞移植实现艾滋病长期缓解的病例,同时是目前艾滋病功能性治愈病例中年龄最大的患者

这名患者在 1988 年被诊断出感染了 HIV,此后又患上了白血病。他于 2019 年接受了骨髓移植,该骨髓的供体具有罕见的基因突变——基因 CCR5 部分缺失。基因 CCR5 表达的受体(蛋白质)是 HIV 入侵和感染人体细胞的关键受体,其突变后会导致 HIV 无法感染细胞。接受骨髓移植治疗后,这位患者的白血病和艾滋病得到了缓解截至目前,他停用抗逆转录病毒药物已超过 17 个月的时间研究人员表示,骨髓移植会破坏患者的免疫系统,所以该治疗方式不适用于所有艾滋病患者。不过该病例也未来功能性治愈艾滋病患者提供了一个全新的思路——使用 CRISPR 基因编辑技术敲除 CCR5 基因,以实现更广泛的治愈。(法新社)



· 地球科学


地球磁场如何“死里逃生”


图片来源:Pixabay

地球的磁场能够保护地球表面的水和大气免受太阳风的影响。然而,在地球历史上,地磁场的强度曾发生过剧烈变动:大约 5.65 亿年前地球的磁场强度只有如今的 10%,但随后在短短 1500 万年间就恢复到了正常水平。近期,由美国罗切斯特大学(University of Rochester)等机构组成的研究团队揭示了地磁场是如何迅速增强的。

研究者分析了美国俄克拉荷马州早寒武纪(约 5.32 亿年前)斜长岩中的地磁记录,发现地磁场的增强与地球内核的形成时间相吻合:大约 5.5 亿年前,地球固态内核正快速形成,很可能直接导致了地球磁场的迅速加强;而在约 4.5 亿年前,由于板块构造运动的间接影响,地球内核最外层与最内层内核的边界形成,并保持至今。研究者认为,正是内核的形成和稳定维持了地磁场的强度,使地球拥有了其他星球所不具备的、抵御太阳风辐射的功能,并具备了孕育、维持生命所必需的条件。相关论文已于 7 月 19 日发表在《自然-通讯》Nature Communication)上。(罗切斯特大学)


· 量子通讯


世界首颗量子微纳卫星成功发射


7 月 27 日,由合肥国家实验室、中国科学技术大学、中科院上海技术物理研究所、中科院上海微小卫星创新研究院、济南量子技术研究院等联合研制的世界首颗量子微纳卫星在酒泉卫星发射中心搭载“力箭一号”运载火箭成功发射。该卫星在世界上首次实现了基于微纳卫星和小型化地面站之间的实时星地量子密钥分发,这也是目前唯一在原理上无条件安全的通信方式。该卫星的成功发射和在轨运行,将有助于我国保持和扩大在空间量子通信领域的国际领先地位,助力实现国家信息安全和信息技术水平的跨越式提升。(中国科大新闻网)



· 化学


科学家发现新的化学反应,或能揭示早期生命起源


近期,美国斯克里普斯研究所(Scripps Research)的科学家发现了一种新的化学反应,或能解释早期地球的生命起源。在该反应中,氰化物、氨和二氧化碳通过反应能生成氨基酸和碱基前体物质,两者是蛋白质和 DNA 的组成部分。

在生物体中,氨基酸由 α-酮酸通过转氨作用合成。有证据表明,α-酮酸可能在早期地球中存在,但并不确定确认其转化形成氨基酸的过程。在此次研究中,科学家发现 α-酮酸能够与氰化物、氨和二氧化碳反应,通过 Bucherer-Bergs 途径形成相应的 α-氨基酸。另外,该反应的副产物乳清酸盐能形成嘧啶,是构成 DNA 和 RNA 的前体化合物。他们认为,该反应与今天生物体内发生的反应类似,只是由氰化物代替蛋白质驱动了反应过程,因此,该反应有可能解释了早期生命的起源。此外,该反应还有助于揭示二氧化碳在早期生命起源中的作用。相关论文于 7 月 28 日发表在《自然-化学》Nature Chemistry)上。(斯克里普斯研究所)


· 疫情通报


7 月 28 日我国内地新增本土确诊病例 60 例,新增本土无症状感染者 390 例


根据国家卫健委官网通报,7 月 28 日 0—24 时,31 个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例 109 例。其中境外输入病例 49 例(福建 14 例,广东 11 例,山东 7 例,上海 4 例,四川 4 例,北京 2 例,河南 2 例,陕西 2 例,天津 1 例,江苏 1 例,重庆 1 例),含 9 例由无症状感染者转为确诊病例(山东 4 例,福建 2 例,四川 2 例,广东 1 例);本土病例 60 (甘肃 21 例,四川 16 例,广西 10 例,山东 5 例,河南 4 例,广东 3 例,上海 1 例),含 23 例由无症状感染者转为确诊病例(甘肃 14 例,四川 6 例,广西 2 例,河南 1 例)。无新增死亡病例。无新增疑似病例。新增无症状感染者 455 例,其中境外输入 65 例,本土 390 例(广西 121 例,甘肃 112 例,山东 93 例,四川 29 例,河南 17 例,上海 6 例,江西 4 例,广东 3 例,天津 2 例,安徽 1 例,福建 1 例,云南 1 例)。(国家卫健委)


编写:毛疏影、范宇晨、林灵、丁曼雨、石云雷

编辑:石云雷
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