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吃瓜,教授在课堂上说clusterProfiler是垃圾

路人甲乙丙丁 生信技能树 2023-06-07

数以万计的生物信息学数据分析都采用了clusterProfiler包,虽然说clusterProfiler本质上是帮忙在R里面快捷的实现了ORA和GSEA的统计学方法,而且可以好方便的结合GO,KEGG,Ractome等数据库。但是分析结果的好坏完全没办法责怪工具本身啊。。。。是自己的生物信息学理解能力。。。。


有粉丝在公众号的后台发了这一张图片,所谓【健康院自产算法】,那肯定就是健康院的人了,而这个健康院肯定是Y叔曾经工作过的暨南大学生命与健康工程研究院,也是clusterProfiler 2012年这篇文章的通讯单位嘛,这个信息毫不费力就扒出来了。



顺着这个截图,我去B站上把这段视频给看完了,说“clusterProfiler是垃圾,结果是错的”,他的理由只有一个,那就是结果中有冗余的GO terms,这摆明是GO本身的问题,所以GO有slim版本,所以有一些软件专门针对富集结果,进行去冗余,clusterProfiler里,也有一个函数simplify用于去冗余,这关clusterProfiler什么事?如果clusterProfiler就错了,那其它软件也都错了。这逻辑有点不符合科研工作者的身份。


那么我们继续挖呀挖,用小小的网络,挖大大的瓜。


竟然让我挖出来2020年初出现新冠疫情之后,张教授专门去华南海鲜市场溜一圈,说是为了证明病毒是弱鸡的行为艺术。


而这个行为艺术的评论里,又出现了先父遗传的劲爆线索。从这条线又摸到了张教授的系列博客【雨燕起飞 新浪博客】



据说处女情节这种东西,还在暨南大学的生物学的课堂上宣传过哟,真是太为难上课的小朋友了。


劲爆的东西太多,以至于看B站之后,还发现了,生物信息学教你买胸罩之类的奇奇怪怪的知识。还是那句话,难为上课的小朋友了。




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