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treeio: 进化树基础类和方法

2016-12-22 Y叔 biobabble

现在有评论功能了。🍻



上次发表了ggtree版本的plotTree,被大V转发,一下子推特都涨粉了,正所谓传播靠大V,欢迎大家转发到盆友圈😜


言归正传,ggtree代码越写越多,所以我决定把它分成treeio和ggtree,这样子可以把文件解析和树操作等功能与可视化分开,让ggtree专注于可视化,也有利于后续的维护。


treeio提交到Bioconductor,是Martin Morgan老人家review的,他直接说他看了代码,没有comment,直接加Bioconductor。昨天刚加进去,所以Bioconductor的页面还没生成,不过也就在这一两天的事了。




今天把ggtree里的一些文件删掉,移到treeio的代码全部注释掉。正好发现是第888个commit,于是截屏留个纪念。


这两年的时间,好多精力在写ggtree,treeio里大部分功能,其实是两年前圣诞假期写的,那时候拿着笔记本在太平洋装着逼写着代码,因为当时我想着快速(赶在过年前)出一遍paper,像BEAST、CODEML的解析都是那时候写的,过年前也写好了draft,结果不承想,一拖就拖到8月才投稿,审稿一拖就拖到今年8月才接收,现在还没出版,也就是说出版得到明年了!这速度,若不是搞得早,分分种毕业的时候还看不到文章的节奏!


点击阅读原文,直达treeio,现在各种读树,树的操作功能都已经不在ggtree包里了。


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