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[GOSemSim]: 跨物种计算基因相似性

2017-03-26 Y叔 biobabble




Hi,

I know this question has been asked before a long time ago and I don't see an answer of that question in the mailing list or in the vignette of GOsemsim package. So I was wondering what is the easiest possible way of calculating GO semantic similarity value for orthologus gene pairs between two species using the above R package or any other package you know of. I am not doing this for less annotated species I need to calculate that for orthologus genes between Human and Mouse (both of which are well annotated IMHO). So I would much appreciate it if anyone who has already done this before can point me to a resource which already has pre-calculated semantic similarity values for Mouse and Human orthologues or has inbuilt code to do that.

Thanks & regards


https://support.bioconductor.org/p/90063/



这是Bioconductor support site上的问题,问的是他想要计算人类和老鼠的直系同源基因通过GO注释来计算语义相似性,问GOSemSim是否支持,这个答应是yes and no。


本身是没有直接支持跨物种计算的,GOSemSim最初支持5个物种,后面扩展为20个物种,现在是支持有OrgDb的所有物种,而OrgDb是可以通过AnnotationHub在线获取的,也可以通过AnnotationForge::makeOrgPackage()函数或者是makeOrgPackageFromNCBI()函数构建,所以现在基本上GOSemSim和clusterProfiler都是可以说支持所有有注释的物种,当然没注释的也可以自己注释,通过拿来计算。


GOSemSim默认是支持单一物种,首先通过godata()函数把OrgDb转化为GOSemSim所需要的注释,包括基因映射到GO以及GOID的信息含量,然后这个背景注释传给geneSim/mgeneSim函数,godata()只支持传入单一OrgDb,所以这里只能是支持单一物种,要跨物种也不是不可能,我再写一个merge函数,把godata()输出的GOSemSimDATA对象合并起来,比如一个人的,一个老鼠的,merge完之后,你还可以再merge,这样就可以有多个物种的注释在里面。就可以传给geneSim/mgeneSim来计算了,所有的函数都不需要做出改变,只需要添加这一功能就好。对于使用GO图结构的算法,这没什么问题,但对于使用信息含量的算法,merge的过程,可能需要对信息含量重新计算/处理,这也是我迟迟没写扩展的原因,因为没时间研究这些-,-


虽然直接是不支持的,至少目前是这样(以后可以真会加入像上面提到的功能),但稍微变通一下,就知道其实是可以的,因为你可以使用图结构算法(不涉及信息含量的计算),然后用mgoSim来计算啊,只不过你需要自己做基因到GO的映射而已,你拿一人的基因,对应一个GOID向量,一个老鼠基因,对应另一个GOID向量,做为输入给mgoSim,就可以算出来这两个基因的相似性,简单的wrapper函数,就可以干这个事情了。





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