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[连载1]:学术期刊的学术不端,你见过吗?

2017-07-18 Y叔 biobabble

编辑部的恶才是最大的恶!

大家是否还记得2015年BioMed Central高调地撤稿了43篇文章,站在道德制高点对审稿过程进行了指责,吐了学术不端一脸口水?


就在这个时候,我写信去BMC Systems Biology告别人抄袭,编辑部信誓旦旦,他们对这种事情是非常认真对待的,然而接下来的剧情却反转了,在我证据甩他们一脸的时候,他们拖着不处理,拖多久呢,超过1年!一直在给抄袭者洗地,最好在没有告知我的情况下,静悄悄地出了个所谓的erratum
erratum是什么?字典里这样写:

erratum |ɛˈrɑːtəm| noun (pl.errata |ɛˈrɑːtə| ) an error in printing or writing.

我告的是抄袭,plagiarism:

plagiarism |ˈpleɪdʒərɪz(ə)m| noun [ mass noun ] the practice of taking someone else's work or ideas and passing them off as one's own.

结果plagiarism到了编辑部那里变成了erratum.


事情源自于某一天,我在看分析PPI的软件,看到了这个ppiPre包:

这个包本身类似的工作我是见过的,比如http://intscore.molgen.mpg.de/这个webserver,作者在开发的时候,就一直有联系我,因为内部就使用了GOSemSim。而这个ppiPre声称的20个物种和我GOSemSim支持的一模一样,又同样是计算相似性,就引起了我的好奇心,打开看源码直接给跪了,起码2/3的代码是完全复制粘贴我的,尼玛这样开发软件,如此发文章,谁不会啊!


上面这张截图,你们可以上网自己对比,除了把函数名ygc打头给改了,一模一样:

  • https://github.com/cran/ppiPre/blob/a657155d0aa16ff142101cbe51b1000bdd506cf7/R/GOKEGGSims.r#L119-L194

  • https://github.com/GuangchuangYu/bioc-release/blob/master/2X/2.6/GOSemSim/R/GOSemSim-internal.R#L196-L278

更多的对比可以参考http://guangchuangyu.github.io/2014/11/proper-use-of-gosemsim/,点击阅读原文可直达。


做为一个写开源软件的人,别人如果用我的代码做出更有意义的东西,我也会开心,我并不反感别人抄我的代码。但你如果抄了,你要给出一定的acknowledgement,很多人不会细看开源协议的具体条文,到底有没有要求acknowledgement?如何要求?即使软件用了没有要求acknowledgement的协议,在学术界,acknowledgement和相应的引用也是必须的。你copy-paste了我的代码,然后写文章说是自己开发的,这就是学术不端!通篇文章在写自己开发了什么算法,而编辑/审稿人以此在衡量这篇文章,然而却是抄来的!就凭有意欺骗审稿人和编辑就该撤稿!

等我再慢慢八一八,后面去告抄袭,编辑是如何扯皮,如何扯蛋的!原来州官明正言顺地指责别人点灯的时候,自己可以堂而皇之地放火!


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