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CS番外1:如何定义下游的区间?

Y叔叔 biobabble 2020-02-05

基因下游是什么?

我们知道上游很重要啊,因为可能会调控转录,但注释的时候,没有上游这个东西,为什么呢?因为转录起始位点TSS的上下游被定义为promoter,所以啊上游被包括在promoter中,也就没有上游这个category了。

那么转录终止位点TTS的上下游呢?上游还在基因主体里,它可以是外显子、内含子、3'UTR这些,优先拿这些来注释,而下游呢?基因间区!基因间区就是各种不编码蛋白的区域,当然也可能编码一些非编码RNA之类的,这一块从基因的角度来看,是比较‘没用’的。但对于TTS后面紧接着的基因间区,它可能对基因的转录还是有些影响的,所以单独拿出来,就是这里要说的downstream了。

所以一个基因主体的immediate upstream,包含在promter里,而immediate downstream,我们也单独拿出来注释为downstream,这两块其实都在基因间区,但被我们拿出来了,因为和基因直接连接,很近的区域,可以说这是近端基因间区。而其它的基因间区,我们称之为远端基因间区,distal intergenic.


Does anyone know how to set the downstream range for the peak annotation? It seems the default setting of downstream is 3kb. I would like to set the downstream range from 3kb to 500bp. Thanks

这是Bioconductor上的问题,https://support.bioconductor.org/p/103135/,事实上在早期的版本,这是hard coded的,写死在里面,现在的版本是可以由用户自己定义的,但我在写这个的时候呢,我觉得annotatePeak已经有很多参数了,我不想把参数列表搞得又臭又长,所以呢,就变成了黑魔法,使用options来设置。比如说上面提问者想要的500bp,就可以通过下面的指令来设置:

options(ChIPseeker.downstreamDistance = 500)

BTW: ChIPseeker写了10篇系列文,已经写完,所以现在出番外篇。现在ChIPseeker的六角贴也已经有了:

最后的最后,显摆一下,ChIPseeker深受生物学家们的喜爱,因为颜值高得不像实力派!


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