肠道炎症中，干细胞倒下了，谁上？| 热心肠日报
今天是第863期日报。
Cell子刊：肠道炎症中，潘氏细胞摇身一变获得干细胞特性
Cell Reports[IF:8.032]
① 小鼠小肠急性炎症导致Lgr5+肠道干细胞显著减少，同时干细胞因子（SFC）分泌增多、总体肠道干细胞功能增加；② 这与潘氏细胞（PC）重新进入细胞周期、失去分泌表型、获得干细胞特性有关，有助于炎症应答中的组织再生；③ SCF激活PC的c-Kit受体信号，经下游级联反应活化PI3K/Akt、抑制GSK3β，从而活化Wnt，令PC在炎症中获得干细胞特性；④ 炎症中肠上皮细胞的可塑性远不只是干细胞和祖细胞，PC的去分化在炎症性肠病的组织应答中有重要作用。
Paneth Cells Respond to Inflammation and Contribute to Tissue Regeneration by Acquiring Stem-like Features through SCF/c-Kit Signaling
08-28 DOI: 10.1016/j.celrep.2018.07.085
Immunity：肠上皮中Toll样受体的表达蓝图
Immunity[IF:19.734]
① 制备5个Toll样受体（TLR）报告小鼠，发现肠道不同区域内TLR表达明显不同；② 小肠肠上皮细胞（IEC）内多种TLR的表达水平低，而结肠IEC中表达水平高；③ 小肠IEC中TLR5的表达在新生儿期逐渐下降，之后仅在潘氏细胞表达；④ 类器官实验中，潘氏细胞或结肠IEC内的TLR信号，可诱导一系列核心宿主防御基因表达，但不包括抗菌肽（由炎症细胞因子直接诱导）；⑤ IEC内TLR表达和功能的全面蓝图，揭示出IEC对微生物应答的多样性，有助于研究先天免疫。
A Map of Toll-like Receptor Expression in the Intestinal Epithelium Reveals Distinct Spatial, Cell Type-Specific, and Temporal Patterns
08-28 DOI: 10.1016/j.immuni.2018.07.016
危险信号：危重病人的肠道菌群失调
Intensive Care Medicine[IF:15.008]
① 重症监护（ICU）相关的危重病人肠道菌群失调，与多种因素有关，如抗生素、消化道药物、人工营养、败血症、休克、肠缺血等；② 菌群失调可促进病人发生败血症和多器官衰竭，还可能影响多种并发症风险；③ 菌群失调伴随有益菌减少，可导致肠道内耐万古霉素肠球菌（VRE）、艰难梭菌等致病菌增多，增加病人感染风险；④ Freedberg等人发现，危重病人被ICU接收时的肠道菌群特征，可预测其死亡或感染风险，VRE定殖和肠球菌富集是风险因素。
The gut microbiota of critically ill patients: first steps in an unexplored world
07-14 DOI: 10.1007/s00134-018-5309-3
ICU入院时的肠道菌群特征，可预测后续死亡和感染风险
Intensive Care Medicine[IF:15.008]
① 纳入301例重症监护病房（ICU）患者，分析ICU入院时患者直肠拭子菌群特征，与之后30天内的死亡或经培养证实的细菌感染间的关联；② 入院时直肠菌群中存在特定大肠杆菌、假单胞菌、克雷伯氏菌和艰难梭菌，与后续同种致病菌感染相关，而入院时抗万古霉素肠球菌（VRE）的存在，与后续肠球菌感染相关；③ 患者直肠中VRE定殖和肠球菌富集，则之后死亡/感染风险上升接近50%，而在VRE阴性的患者中，肠球菌富集与死亡/感染风险上升113%相关。
Pathogen colonization of the gastrointestinal microbiome at intensive care unit admission and risk for subsequent death or infection
06-23 DOI: 10.1007/s00134-018-5268-8
用于OTU提取和系统发育分析的超快生物信息学工具
Genome Biology[IF:13.214]
① HmmUFOtu是一个基于隐马尔科夫模型的超快OTU工具，由两个核心算法组成：banded-HMM比对和局部系统发育放置算法；② 可用于从16S rRNA基因测序数据提取OTU及进行OTU系统发育分析的任务；③ 在比对的准确性上仅比blastn低3.5%，但速度要快约300倍；④ 在系统发育分析时比Pplacer等更灵敏、准确，速度上则要快30倍；⑤ 由于该工具是依次分析测序的短序列，在处理大数据集时很容易借助多线程提高性能，而内存占用却保持稳定。
HmmUFOtu: An HMM and phylogenetic placement based ultra-fast taxonomic assignment and OTU picking tool for microbiome amplicon sequencing studies
06-27 DOI: 10.1186/s13059-018-1450-0
肠道菌群参与多氯联苯与胆汁酸稳态间的互作
Toxicological Sciences[IF:4.181]
① 低剂量多氯联苯（PCB）口服暴露，导致小鼠大肠中与BA代谢有关的细菌（Akk菌、Clostridium scindens和肠球菌）显著增多，介导了血清和小肠内容物中多种BA水平上升；② 高剂量PCB使小鼠的BA水平保持稳定，伴随肝脏外排转运蛋白和回肠Fgf15增加；③ 高剂量PCB介导的增加肝脏、小肠、大肠中牛磺酸-α/β-鼠胆酸的作用，在无菌小鼠中增强；④ 5个细菌分类群和大多数次级BA呈正相关；⑤ PCB通过肠-肝轴和菌群的联合效应，剂量依赖性的改变BA稳态。
Gut Microbiota Modulates Interactions between Polychlorinated Biphenyls and Bile Acid Homeostasis
08-24 DOI: 10.1093/toxsci/kfy208
深入雨林如何影响城市人的菌群
mSphere[IF:3.575]
① 传统生活方式的人群比城市人群具有多样性更高的肠道菌群；② 7名城市志愿者（5名成人，2名儿童）在热带雨林的村庄按照当地的饮食和生活方式居住16天，并与当地人比较口腔、鼻腔、皮肤和肠道菌群；③ 与当地人相比，城市人群的菌群α多样性较低，其中皮肤菌群及儿童的肠道、口腔菌群都有统计学差异；④ 与成人相比，城市儿童菌群的变化更趋近当地儿童，说明了儿童菌群的可塑性以及成年人菌群的相对稳定性。
Changes in the Gut Microbiota of Urban Subjects during an Immersion in the Traditional Diet and Lifestyle of a Rainforest Village
08-29 DOI: 10.1128/mSphere.00193-18
益生菌或无法改善种植体周围粘膜炎
Clinical Oral Investigations[IF:2.386]
① 50例种植体周围粘膜炎患者，在加强口腔卫生的基础上，进行机械清理辅以0.12%洗必泰漱口水15天，之后随机分为两组服用含两株罗伊氏乳杆菌（益生菌）或安慰剂药片30天，随访90天；② 洗必泰显著改善患者种植体处的菌斑、出血等临床指标；③ 然而随着后续补充益生菌或安慰剂，大部分临床指标都轻微且逐渐地恶化，但在随访结束时未至基线水平；④ 未发现两组间龈下菌群的显著改变；⑤ 使用益生菌对治疗种植体周围粘膜炎似乎没有额外益处。
Evaluation of the effect of probiotics in the treatment of peri-implant mucositis: a triple-blind randomized clinical trial
08-27 DOI: 10.1007/s00784-018-2578-8
感谢本期日报的创作者：女巫，花开，mildbreeze，药农，杨展，gaoch
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