菌群深度影响疫苗？再有两项重要研究发表 | 热心肠日报
今天是第2036期日报。
Nature子刊：全球框架下研究菌群对婴儿口服轮状病毒疫苗免疫原性的影响
Nature Communications[IF:14.919]
① 前瞻性队列研究纳入印度、马拉维、英国484对母婴，分析母体、菌群对婴儿口服轮状病毒疫苗（ORV）免疫原性的影响；② 亚、非婴儿ORV脱落和血清转化率显著低于英国，且印度新生儿轮状病毒感染率远高于其他地区；③ 在亚非，而不是英国婴儿中，母体轮状病毒特异性抗体含量与ORV反应呈负相关，或由于ORV脱落减少造成；④ 菌群发育同样存在地域差异，亚、非婴儿中微生物组多样性增加与ORV免疫原性呈负相关；⑤ 过早细菌暴露或可破坏疫苗效价。
Impact of maternal antibodies and microbiota development on the immunogenicity of oral rotavirus vaccine in African, Indian, and European infants
12-15, doi: 10.1038/s41467-021-27074-1
【主编评语】口服轮状病毒疫苗（ORV）是少有的在不同发展阶段、收入水平国家均常规施用的疫苗，为相关评价、对比研究提供了宝贵的资源。Nature Communications最新发表的文章，对影响ORV设计和免疫方案、效价的因素进行了研究。（@solo）
Cell子刊：轮状病毒疫苗效果不佳，可能是肠道病毒组在干扰
Cell Host and Microbe[IF:21.023]
① 一项回顾性研究纳入122名加纳婴儿，在6-15周龄期间接种3次轮状病毒的口服减毒活疫苗（RVV），分析肠道细菌和病毒组与血清转化间的关联；② 鉴定出若干与血清转化相关的细菌类群，如前2剂时各有1个链球菌属细菌类群以及第1和3剂时的某肠杆菌科细菌类群，与血清转化正相关；③ 肠道病毒组分析显示，噬菌体组丰富度和多样性随时间降低，且第1剂时的噬菌体多样性、肠病毒B和Cosavirus A与血清转化负相关；④ 病毒间的干扰可能影响RVV效果。
Enteric virome negatively affects seroconversion following oral rotavirus vaccination in a longitudinally sampled cohort of Ghanaian infants
12-20, doi: 10.1016/j.chom.2021.12.002
【主编评语】轮状病毒疫苗（RVV）大大降低了严重轮状病毒胃肠炎的死亡率，但RVV在中低收入国家的效果明显较差，其原因尚不清晰，肠道微生物组或在其中发挥作用。Cell Host and Microbe发表的一项最新研究，通过宏基因组学测序，探索了非洲加纳的122名婴儿的肠道细菌和病毒组与RVV免疫效果（接种后的血清抗轮状病毒IgA转阳情况）之间的关系。研究者认为，中低收入国家的婴儿可能比高收入国家的婴儿，更早、更多样化地感染了肠道病毒，从而限制了RVV的效果。（@mildbreeze）
中国居民家庭幽门螺杆菌感染的防控和管理专家共识（2021版）
Gut[IF:23.059]
① 57名中国专家就关于幽门螺杆菌（Hp）感染的家庭传播、控制和管理，达成16条共识声明；② 最终报告由三部分组成：家庭成员间的Hp感染和传播，家庭内儿童和老人Hp感染的预防和管理，以及家庭成员间Hp感染的预防和管理策略；③ 在传统的“检测和治疗”及“筛查和治疗”的基础上，引入了第三种“基于家庭的Hp感染控制和管理” 的新策略，以防止其在家庭内传播和相关疾病的发展，为临床实践提供更好的Hp根除和预防的选择。
Chinese Consensus Report on Family-Based Infection Control and Management (2021 Edition)
11-26, doi: 10.1136/gutjnl-2021-325630
【主编评语】幽门螺杆菌感染大多是一种以家庭为单位的传染病。为了促进其预防和管理，国家消化系疾病临床医学研究中心（上海）、国家消化道早癌防治中心联盟、中华医学会消化病学分会幽门螺杆菌学组、全国幽门螺杆菌研究协作组召开了一次全国性的共识会议，对当前的证据进行审查，并提出基于家庭的幽门螺杆菌感染控制和管理的策略。形成的共识报告，由郑州大学人民医院丁松泽和海军军医大学长海医院李兆申作为共同通讯作者，于近期在Gut发表，推荐专业人士关注。（@mildbreeze）
肠道菌群影响男男性行为者的HIV感染风险及AIDS进展
Microbiome[IF:14.65]
① 纳入265名男男性行为者（MSM），包括109名HIV-1感染者及156名HIV-1阴性对照；② HIV-1感染者感染前，粪便菌群中的琥珀酸弧菌科、红蝽菌科、两形真杆菌、产气柯林斯菌等富集，拟杆菌科、理研菌科、细长真杆菌、脆弱拟杆菌等减少，血浆炎症因子（sCD14、sCD163、IL-6、LPS结合蛋白）显著升高；③ HIV-1感染后，相比于10年以上未发展为AIDS者，5年内发展为AIDS者的粪便菌群中，普雷沃氏菌科、食物谷菌科、脆弱拟杆菌、圆柱状真杆菌富集；
Signature changes in gut microbiome are associated with increased susceptibility to HIV-1 infection in MSM
12-09, doi: 10.1186/s40168-021-01168-w
【主编评语】Microbiome上发表的一项回顾性队列研究结果，发现在男男性行为者中，与HIV-1阴性者相比，HIV-1感染者在感染前的肠道菌群组成存在显著差异，且HIV-1感染后的肠道菌群组成与AIDS的进展相关。（@aluba）
Cell子刊：剖析肠道生态位亚型，定义树突状细胞多样化功能
Immunity[IF:31.745]
① 常规树突状细胞（cDC）分为cDC1s、cDC2s两大类，其中cDC2s在小肠中又包括同源的固有层（LP） cDC2s和上皮间cDC2s；② LP CD103+CD11b+cDC2s具促炎、成熟型基因标记，而上皮间cDC2s呈未成熟样表型；③ 食物衍生的全反式维甲酸（ATRA）增强细胞肌动球蛋白收缩力，助力LP cDC2s迁移至上皮间；④ cDC2s定植肠上皮需通过ATRA信号和PILRα受体介导，同时受黏液蛋白Muc2影响；⑤ 上皮间cDC2s具免疫耐受性状，刺激T细胞低反应性。
Epithelial colonization by gut dendritic cells promotes their functional diversification
12-14, doi: 10.1016/j.immuni.2021.11.008
【主编评语】肠道组织中的树突状细胞（DCs）是一个复杂群体，具有多种亚型表达多种功能。具体微环境如何影响DCs多样化尚不清晰。Immunity发表的基础性研究，发现肠道常规树突状细胞cDC2s接收环境信号，从固有层迁移至上皮间并定植，改换生态位，相应地，转录组、表型和功能都会转变。（@solo）
单基因炎症性肠病的综合分类
Gastroenterology[IF:22.682]
① 评估165种单基因病，构建了与IBD关系密切的102种单基因病的综合分类，确定了共同的细胞和分子机制；② 这些基因在发病年龄、疾病表型和治疗反应上各有异同；③ 其表达主要富集在结/回肠上皮、间充质、内皮、吞噬、T和B细胞的特定谱系中；④ 揭示了IBD的多个机制通路，并分析葡糖-6-磷酸代谢发现，吞噬细胞的免疫代谢缺陷可上调mTOR（可作为干预靶点）从而削弱杀菌功能，驱动IBD；⑤ 单基因和多基因IBD存在一些重叠的基因和细胞特异性富集表达。
An integrated taxonomy for monogenic inflammatory bowel disease
11-12, doi: 10.1053/j.gastro.2021.11.014
【主编评语】炎症性肠病（IBD）病因复杂，一些患者由于携带罕见的单基因缺陷而罹患IBD，对这些基因缺陷的研究有助于揭示IBD的分子机制，并为靶向性治疗提供思路。Gastroenterology发表的来自英国牛津大学的这项研究，对IBD相关的单基因病进行了大规模的分析和评估，整合了遗传、临床和多组学数据建立了一个综合分类模型，揭示了IBD相关的细胞和分子通路机制、基因型-表型关联，发现细胞免疫代谢中的mTOR活化或能作为治疗靶点，并对比了单基因IBD和多基因IBD的异同。总之，该研究为IBD的基因组诊断、机制和治疗反应等提供了新信息。（@mildbreeze）
同济医院：菝葜果胶多糖如何抑制小鼠结肠炎？
Carbohydrate Polymers[IF:9.381]
① 从菝葜中提取的果胶多糖（SCLP）可缓解DSS诱导的结肠炎小鼠的症状、组织病理学损伤及炎症因子分泌；② SCLP是半乳凝素-3（Gal-3）的特异性抑制剂，通过阻断Gal-3/NLRP3炎症小体/IL-1β通路，以缓解小鼠结肠炎；③ 体外实验证实SCLP通过抑制Gal-3表达及Gal-3与NLRP3的互作，从而抑制Gal-3/NLRP3炎性小体/IL-1β通路；④ SCLP对Gal-3/NLRP3炎症小体/IL-1β通路的抑制作用至少部分是通过直接调控Gal-3实现的。
Pectic polysaccharide from Smilax china L. ameliorated ulcerative colitis by inhibiting the galectin-3/NLRP3 inflammasome pathway
11-06, doi: 10.1016/j.carbpol.2021.118864
【主编评语】华中科技大学同济医院的张玉和王凯平作为共同通讯作者，在Carbohydrate Polymers上发表的一项最新研究结果，发现从菝葜中提取的果胶多糖可通过抑制半乳凝素-3/NLRP3炎症小体/IL-1β通路，从而缓解DSS诱导的小鼠结肠炎。（@aluba）
国内团队：肠道菌群失调激活Gasdermin D，促结肠炎
Frontiers in Immunology[IF:7.561]
① 在DSS诱导的结肠炎小鼠模型中，gasdermin D被激活，而缺失gasdermin D的小鼠的结肠炎严重程度有所减弱；② 机制上，肠道上皮细胞（而非浸润的免疫细胞）中表达的gasdermin D对于结肠炎进展十分关键；③ 在结肠炎期间，共生大肠杆菌过度生长，从而介导gasdermin D的激活；④ 激活的gasdermin D可促进IL-18释放，但对IL-18的转录或成熟无显著影响，从而导致杯状细胞减少。
Dysregulated Microbiota-Driven Gasdermin D Activation Promotes Colitis Development by Mediating IL-18 Release
10-14, doi: 10.3389/fimmu.2021.750841
【主编评语】深圳市龙华区中心医院的陈鹏飞团队与栾韶东团队在Frontiers in Immunology上发表的一项最新研究，发现在DSS诱导的结肠炎小鼠模型中，肠道菌群失调可导致gasdermin D的激活，后者可通过增加IL-18释放，以减少杯状细胞，从而促进结肠炎进展。（@aluba）
何松+杨仕明：碳酸锂或可减轻结肠炎症
Pharmacological Research[IF:7.658]
① 灌胃给药碳酸锂（LC）显著缓解DSS诱导小鼠结肠炎；② LC提高肠道微生物多样性，改变菌群组成，提高Akkermansia、Ruminiclostridium和Adlercreutzia；③ LC改变肠道菌群产生SCFAs，尤其上调乙酸和丙酸；④ 混合抗生素ABX处理后，LC缓解肠炎作用消失，灌胃A. muciniphila可缓解；⑤ GPR43 KO小鼠中，LC缓解肠炎作用也消失；⑥ LC通过GPR43依赖性机制激活结肠固有层的Treg细胞抗炎反应。
Lithium carbonate alleviates colon inflammation through modulating gut microbiota and Treg cells in a GPR43-dependent manner
11-18, doi: 10.1016/j.phrs.2021.105992
【主编评语】重庆医科大学第二附属医院何松团队和陆军军医大学第二附属医院杨仕明团队的研究成果。碳酸锂（LC）是一种神经精神稳定剂，最近的研究表明LC具有干预胃肠道紊乱的潜力。本文探究了LC干预结肠炎的效果及可能的机制。研究结果显示，LC可以有效缓解小鼠结肠炎，且其主要是通过GPR43依赖方式调节肠道菌群和Treg细胞来缓解结肠炎症。（@Bingbing）
感谢本期日报的创作者：solo，mildbreeze，大力，aluba，东耳，耿六一，圆滑的铁勺
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