NCBI数据库专题之Taxonomy

·什么是Taxonomy数据库？·如何进入Taxonomy数据库·Taxonomy数据库主页简介

·什么是Taxonomy数据库？

顾名思义，Taxonomy是一个分类数据库，共收录有将近300,000种物种信息，分类数据库以每月增加2200个新分类单位的速度在增长。它不是分类学或系统发育信息的信息源，也没有自己的一套完整的分类学系统，相反它只是努力整合各种各样来源的系统发育和分类学的知识，包括发表的文献、基于网络的数据库、序列提交者的建议以及来自NCBI 外部的分类学专家。因此NCBI 的分类学数据库不是一个系统发育或分类学的“专家数据库”（ The NCBI taxonomy database is not an authoritative source for nomenclature or classification - please consult the relevant scientific literature for the most reliable information.）。这些信息为“属(genus)”级别，或者虽然未达到“属(genus)”级别，但在Entrez至少收录有一条该物种的核酸序列或蛋白质序列信息，使用Taxonomy数据库可以了解该物种在分类学上的地位，也可以在某一物种范围内对Entrez数据库进行搜索。

·如何进入Taxonomy数据库？

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/

·Taxonomy数据库主页简介

Taxonomy数据库主要包含搜索Database，Downloads，Submission，Tools等。1.Database：是为所有生物进行分类和命名的数据库，目前包含了超过160,000个物种的名字和演化发育分类信息，约占地球上已描述物种的10%。输入物种名搜索后可以获得该物种的核酸和蛋白质序列，然后选择其中的一种，还能获得该物种的Taxonomy ID。

2.Download：包含完整的分类数据库以及将核苷酸和蛋白质序列记录并与其分类标识相关联的文件，详细信息可以查看taxdump_readme.txt和gi_taxid.readme文件。

3.Submission：将标准的遗传位座的核苷酸序列提交给GenBank数据库。

4.Tools：包含下面5个工具：

（1）Genetic Codes ：在分类数据库中显示物种信息。

（2）Taxonomy Browser ：可以使用部分的分类名称，常用名，语音学上类似的名称搜索其分类树。

（3）Taxonomy Common Tree ：对添加的物种进行分类。

（4）Taxonomy Statistics ：显示收录的物种的几个大类。

（5）Taxonomy Status Reports ：显示添加的物种分类ID。

参考资料：

http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237847.html

http://wenda.so.com/q/1381543929064690

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