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GEO数据挖掘-第五期-肝细胞癌（HCC）-多组分开差异分析
GEO数据挖掘系列文-第四期-肝细胞癌 （WGCNA）
GEO数据挖掘系列文-第五期-肝细胞癌 （多组差异分析）
疾病背景
肝细胞癌（HCC），起源于肝细胞，是全球第七大常见癌症。
每年全球约诊断HCC病例50万例，约占所有癌症病例的5.4%，每年因肝细胞癌而死亡得人数约70万人。
绝大多数HCC发生在亚洲和撒哈拉以南非洲，美国和其他发展中国家的HCC发病率正在上升。
文章
HBV+肝细胞癌患者lncRNA mRNA共表达网络分析及作用
GEO数据框：GSE54238
◎ 10个正常样本 (NL)
◎ 10个肝硬化 (CL)
◎ 13个早期肝细胞癌 (eHCC)
◎ 13个晚期肝细胞癌 (aHCC)
这篇文章共进行了三组样本的比较
这篇文章共进行了三组样本的比较：
正常组与肝硬化组
根据pca结果，去掉CL组的12，14，15，16号样本，然后再进行pca和聚类分析，得到下图
绘制热图和火山图
这两组样本没有分的很开，在下面的热图和火山图中也可看出
正常组与晚期肝细胞癌
根据pca结果，去掉aHCC组的16，17，20号样本，然后再进行pca和聚类分析，得到下图
https://github.com/wloof/GEO
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