想学画图、数据处理，先学哪些R包？看哪些书？
需求描述
今天有小伙伴问：现在大家觉得最好的R画图包是哪个呀？我现在主要用ggplot2。
小丫答：这是个有趣的问题，我提取152个FigureYa里用到的R包，看40位画图高手都用了哪些R包，哪些R包最常用。
解题思路
用R包之前要先用library(R包的名字)加载，我们提取library后面括号里的包的名字就好啦～
FigureYa的文件目录如下，文件夹里的*.Rmd文件里是画图代码。
输入文件
用shell命令提取R包的名字
# 提取Rmd文件中包含“library(”的行
grep 'library(' FigureYa*/*.Rmd >library.txt
# 提取包的名字
sed 's/ //g' library.txt | sed 's/"//g' | sed 's/(/ /g' | sed 's/)/ /g' | awk '{print $2}' | sort > libraryName.txt开始统计
用R计算R包出现的频率，并输出能排序的表格
df <- read.table("libraryName.txt")
freq <- data.frame(table(df$V1))
colnames(freq)[1] <- "Library"
DT::datatable(freq)结果如下：
结论
最常用的画图包就是ggplot2。152个FigureYa用到165个R包，其中ggplot2用到52次；其次是pheatmap，用到18次；complexHeatmap用到8次。
用来处理数据的dplyr用到25次；其次是stringr和data.table，分别用到19次和17次；plyr和tidyverse各用到14次；
配色的RColorBrower用到19次；
拼图的cowplot用到13次；
做生存分析的survival用到16次；
做富集分析的clusterProfiler用到8次；
下载TCGA数据的TCGAbiolinks用到10次。
学画图/处理数据，就从标红的这几个包开始吧～
学习ggplot2画图推荐此书：
《R数据可视化手册》，在线看英文原版：https://r-graphics.org/
学习pheatmap，看看?pheatmap就好；
学习complexheatmap，看在线电子书：https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/
学习dplyr和stringr推荐此书：
《R数据科学》，在线看英文原版：https://r4ds.had.co.nz/
学习clusterProfiler，在线看电子书：https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book/，看作者公众号biobabble(点击蓝字关注)
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