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细菌的功能基因如何上传NCBI获取GenBank号?

王志山 科研后花园 2023-09-08




      此前,我们已将讲解过如何将测序得到并拼接好的细菌16S rDNA序列上传至NCBI获取GenBank号。文章链接:还不知道如何将16S rRNA序列提交至NCBI获取Genbank号?我教你吖
(16S rDNA上传NCBI视频讲解如下)


       其实,细菌的功能基因上传至NCBI获取GenBank号的顺序与16S序列上传的顺序和操作基本上是一致的,其中存在差异的主要有以下几点(以gyrA基因上传为例):1、数据文件:gyrA基因上传的文件需要准备两个文档——gyrA基因基因序列以及gyrA基因的蛋白序列,其中蛋白序列是该基因序列翻译后的序列且蛋白序列必须是连续的,中间不能有空格及下划线(存在下划线需要通过加减碱基或者对序列的互补序列进行翻译)。



2、数据提交进入的入口:gyrA基因的提交入口需要选择Submit中的第二个窗口,进去后选择Start BankIt Submission选项。



3、提交过程进入后开始填写个人信息,然后根据提示一步一步往下填写,填写规则参照以上视频或者之前文章(注意:填写Nucleotide及Organism时需要点击两次continue)。提交过程中在Source Modifiers选项中提供提交序列的分离源等信息,如果是基因组上的基因直接按照下图进行填写就行(点击continue后需要进行信息核查)。下一步Features是整个提交过程中与16S提交存在最大区别的地方——需要提供提交序列编码的蛋白序列,可以提供两种方式进行提交:1)上传提前准备的FASTA格式文本;2)在线填写。

4、Features填写步骤1)这里我们选择在线提交,点击Add features by completing input forms选项,在其中选择CDS那个选项,然后选择下面的providing protein sequence data选项,再点击Add,此时会弹出一个新的界面,新界面中至少需要填写以下图片中显示的信息(TXT文本中核酸序列与蛋白序列中显示的ID必须一致)。最后我们进行填写信息的核查就可以提交了,提交之后等待处理完成,他们会通过邮箱发送给您GenBank号码。





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