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同一套RNA-seq,公司筛出的差异基因跟师兄筛出的为什么不一样?| Pvalue, FDR, cutoff

2017-09-19 小哈 嘉因生物

同一套RNA-seq,为什么公司做的跟师兄跑的结果不一样? | TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?一文,聊了怎样做RNA-seq数据预处理:把samples拉到同一起跑线。


今天讲差异基因筛选,继续搬statQuest视频,点击左下角“阅读原文”直达代码页。文末附第一个视频中提到的P-value和FDR视频,和阈值设定的comment音频。


https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=n0551ppyma0&width=500&height=375&auto=0



有些基因read counts数非常低,一个两个reads不可信,DESeq2和edgeR有各自的处理方法。






上面视频中提到的P value和FDR视频:


P value

https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=s055124iqyk&width=500&height=375&auto=0


FDR,结合RNA-seq讲的很清楚,筛差异基因、功能富集分析,都要用到FDR。

https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=f05515hdskd&width=500&height=375&auto=0


最后作者出镜答疑,阈值设定有啥讲究,0.05?

木有ppt,转成音频方便听。





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