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一章书发表:GO语义相似性度量

Y叔叔 YuLabSMU 2022-09-20


介绍GOSemSim的推文写的不多,只有下面几篇:

GOSemSim是我写过的第一个R包,2008年就在Bioconductor上,是一个伴随我早期成长的R包,我的第一篇SCI论文,就是写GOSemSim,2010年发表在Bioconductor上,目前已经超过500篇引用,被应用于生物信息学的诸多方面。

我收到了《Stem Cell Transcriptional Networks》这本书主编的邀请,在书中为GOSemSim写一章,这是Springer出版社大名鼎鼎的《Methods in Molecular Biology》系列中的一本书。正好我觉得我第一篇SCI论文发表10年,来个呼应,于是爽快地答应了。

我在书中介绍了语义相似性度量的方法、GOSemSim和相关的包,然后就是应用实例,专门找了一个和干细胞有关的实例,并且还让ggtree也露一下脸,对语义相似矩阵进行聚类,用ggtree对聚类结果进行可视化。这个实例对于我们找蛋白功能簇是很有借鉴意义的,欢迎查阅。

https://link.springer.com/protocol/10.1007/978-1-0716-0301-7_11

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