随机对照试验 vs 队列研究，谁更硬？BMJ作出细细比较 | 热心肠日报
今天是第1972期日报。
BMJ：营养学研究中的随机对照试验vs队列研究
British Medical Journal[IF:39.89]
① 根据队列研究结果（BoE(CS)）和随机对照试验证据（BoE(RCT)），共97项膳食-疾病结果对被鉴定；② 二元模型结果显示，BoE(RCT)和BoE(CS)的风险比为1.09；③ 预测区间表明两者的差异在各个方向均非常大，进一步进行异质性分析发现，尤其针对随机对照实验和队列研究的膳食补充，PI/ECO非相似性可以解释绝大部分差异性；④ 当两种研究的暴露相同时，其预估结果也相似；⑤ 而针对连续结果，随机对照试验和人群研究结果差异很小。
Evaluating agreement between bodies of evidence from randomised controlled trials and cohort studies in nutrition research: meta-epidemiological study
09-15, doi: 10.1136/bmj.n1864
【主编评语】随机对照试验和人群队列研究都是营养学研究中常用的研究方法。本文基于相关流行病学研究，系统分析了两种研究方法的评估结果一致性。一般来讲，在全部汇总数据库中，队列研究结果和随机对照试验证据差异性很小。但是，如果进行异质性分析，两者的实验证据差距很大。这些差异可能主要来源于人群的非相似性、干预或暴露、参比以及实验结果等。本文有助于相关研究人员更好得理解两类研究结果。（@兵兵）
颜色编码和警告营养标签有助选择健康食物（综述）
PLoS Medicine[IF:11.069]
① 本系统综述纳入138篇文献中的156项研究（包括101项RCTs和55项非RCTs），其中120篇文献中的134项研究符合荟萃分析条件；② 食品包装使用交通灯标签系统（TLS）、营养警告（NW）和健康警告（HW）与选择更健康食品的可能性增加有关；③ 营养评分（Nutri-Score，NS）和警告标签能降低消费者选择不健康食品的可能性；④ NS和NW营养标签与总体食品健康度分别增加7.9%和26%有关；⑤ TLS、NS和NW营养标签与能量、钠、脂肪和总饱和脂肪摄入降低有关。
Impact of color-coded and warning nutrition labelling schemes: A systematic review and network meta-analysis
10-05, doi: 10.1371/journal.pmed.1003765
【主编评语】近期发表于PLoS Medicine的一项系统性综述和荟萃分析评估了颜色编码和警告营养标签对食物选择的影响，总体而言，颜色编码标签（TLS和NS）和警告标签（NW和HW）都能通过改变消费者对健康的认知和（或）引发相关负面情绪，促使消费者购买更健康的食品。（@临床营养Dr.Chen）
曹海龙团队：癌症中的瘤内菌群（综述）
Biochimica et Biophysica Acta - Reviews on Cancer[IF:10.68]
① 瘤内组织内部坏死、缺氧以及免疫抑制环境利于微生物局部增殖，使之成为肿瘤微环境的一部分，影响肿瘤进展和治疗反应；② 瘤内菌群的致病机制主要包括诱导DNA损伤、激活致癌通路、抑制抗肿瘤免疫等；③ 胃癌、大肠癌、肝胆癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、黑色素瘤等的肿瘤内菌群有不同特征；④ 瘤内菌群在肿瘤治疗中具有多种应用，包括消除抗治疗药物的微生物以及使用靶向肿瘤的细菌和溶瘤病毒等干预策略，实现精准治疗。
The intratumoural microbiota in cancer: new insights from inside
09-11, doi: 10.1016/j.bbcan.2021.188626
【主编评语】Biochimica et Biophysica Acta - Reviews on Cancer近期发表了来自天津医科大学天津总医院曹海龙团队的综述文章，详细阐述了肿瘤内菌群对癌症发生发展和治疗反应的影响和机制，总结了不同癌症类型中的瘤内菌群特征，探讨了如何利用瘤内菌群进行癌症治疗，值得专业人士关注。（@mildbreeze）
华南理工大学：开发乳酸菌合成微生物群聚生体（观点）
Trends in Biotechnology[IF:19.536]
① 乳酸菌（LAB）具有安全性和多样化的代谢活性，可以被应用于合成微生物群聚生体（SMC）中；② SMC中的LAB有助于阐明内部生态压力怎样驱动微生物群落组装和稳定性及结构；③ LAB可应用于产生维他命、风味调料、防腐剂、清除活性氧、进行细胞间交流和物质交换；④ LAB可应用于清除耐药细菌、治疗肠道菌群失调，改善肠道功能和微生物组成等；⑤ SMC设计包括LAB的应用存在共存不稳定性、选择相容生长条件难度、群落内代谢和调节认识不足等问题。
Harnessing lactic acid bacteria in synthetic microbial consortia
09-25, doi: 10.1016/j.tibtech.2021.09.002
【主编评语】微生物群聚生体（Microbiota consortia）这一概念在自然界中普遍存在。相较单一个体存在，微生物群聚生体具备复合性功能和代谢方式，更为稳定和强大。华南理工大学和丹麦技术大学Jian-Ming Liu等在Trends in Biotechnology上发表观点性文章，探讨合成微生物群聚生体（SMC）中乳酸菌的应用。SMC是人为设计的具备多样功能和应用可能的微生物群落。可由来自自然界的关键菌种组成或由不同的工程菌构建，在可持续发展中有广阔的发展前景。（@solo）
通过单细胞基因组学和宏基因组学的整合框架从人类菌群中恢复菌株水平的基因组
Microbiome[IF:14.65]
① SMAGLinker使用使用微流体技术生成的单细胞扩增基因组作为分箱指南，并将它们与宏基因组组装基因组整合在一起，以恢复改进后的基因组草图；② SMAGLinker 通过正确分配宏基因组序列并覆盖高度保守的基因和独特的染色体外元件，使我们能够在模拟群落和人类菌群样本中获得菌株水平的基因组；③ SMAGLinker 将提供单独使用宏基因组学难以获得的 HQ 基因组，并将通过阐明详细的代谢途径和水平基因转移网络来促进对微生物生态系统的理解。
Recovery of strain-resolved genomes from human microbiome through an integration framework of single-cell genomics and metagenomics
10-12, doi: 10.1186/s40168-021-01152-4
【主编评语】在这项研究中，作者开发了一个单细胞基因组学和宏基因组学集成框架 (SMAGLinker)，可以一次性从菌群中恢复多个菌株的高质量（HQ） 基因组。作者使用微流体技术辅助方法来获得大量用于引导分箱的单细胞扩增基因组（SAGs）,利用SMAGLinker检测模拟群落和人类菌群样本，以比较传统宏基因组学和单细胞(sc)-宏基因组学之间的序列准确性和 HQ 基因组数量。作者还应用 sc-宏基因组学来获取菌株水平的基因组，并验证宿主-质粒关联以及源自宏基因组分箱中多个不同物种的聚合序列的存在。SMAGLinker 可在 https://github.com/kojiari/smaglinker 获得。（@刘永鑫-中科院-宏基因组）
metaGEM：直接从宏基因组重建基因组水平的代谢模型
Nucleic Acids Research[IF:16.971]
① 使用metaGEM分析了实验室培养、人类肠道、植物相关、土壤和海洋的483 个宏基因组样本，重建了 14,000 多个基因组水平代谢模型(GEMs)；② 这些GEMs是与单菌基因组有着相近的质量；③ 宏基因组GEMs能够捕获种内代谢多样性，并在肠道细菌代谢交换水平上识别 2 型糖尿病发展中的潜在差异；④ metaGEM 能够直接从宏基因组重建群落水平通量平衡分析代谢模型，提供代谢模型资源，并展示与疾病状况相关的菌群的群落水平建模，允许产生机械假设。
metaGEM: reconstruction of genome scale metabolic models directly from metagenomes
10-06, doi: 10.1093/nar/gkab815
【主编评语】本研究，作者展示了 metaGEM (https://github.com/franciscozorrilla/metaGEM)，这是一个端到端的流程，能够直接从宏基因组对多物种群落进行代谢建模。该流程自动执行从宏基因组组装基因组 (MAGs) 中提取特定背景的原核基因组水平代谢模型 (GEMs)到群落水平通量平衡分析 (FBA) 模拟的所有步骤。（@刘永鑫-中科院-宏基因组）
JAMA子刊：转移性结直肠癌患者应谨慎接受原发肿瘤切除手术
JAMA Surgery[IF:14.766]
① 196名转移性结直肠癌患者随机分为2组，99名接受系统性治疗（基于氟嘧啶的化疗+贝伐珠单抗），97名接受PTR+系统性治疗；② 在意向性分析及遵循研究方案分析中，系统性治疗组患者的60天死亡率分别为3%及2%，而PTR+系统性治疗组患者的60天死亡率为11%及10%，均显著高于前者；③ 在PTR+系统性治疗组中，术前血清乳酸脱氢酶、天冬氨酸转氨酶、丙氨酸转氨酶和/或中性粒细胞水平升高的患者的60天死亡率显著升高。
Sixty-Day Mortality of Patients With Metastatic Colorectal Cancer Randomized to Systemic Treatment vs Primary Tumor Resection Followed by Systemic Treatment: The CAIRO4 Phase 3 Randomized Clinical Trial
10-06, doi: 10.1001/jamasurg.2021.4992
【主编评语】对于转移灶不可切除且原发灶无症状的转移性结直肠癌患者，原发肿瘤切除（PTR）的作用尚未明确。JAMA Surgery上发表的一项3期临床试验结果，在196名转移性结直肠癌患者中发现，相比于仅接受基于化疗+贝伐珠单抗的系统性治疗，接受PTR+系统性治疗后的60天死亡率显著增加。（@aluba）
国内团队：胃肠胰腺神经内分泌肿瘤的发病率变化及预后因素
JAMA Network Open[IF:8.483]
① 1975-2015年期间共确诊43,751例GEP-NET，2015年的年龄校正后发病率上升至1975年的6.4倍；② 直肠GEP-NET、局部GEP-NET及G1期GEP-NET的发病率上升最多；③ 确诊局部GEP-NET的平均年龄增加9岁，确诊区域及转移GEP-NET的平均年龄无显著变化；④ 年龄、性别、婚姻、肿瘤大小、分级、分期及部位与患者的总生存期显著相关；⑤ 相比于TNM分期，基于年龄、肿瘤大小、分级、分期及部位建立的算法可更准确地预测患者的3年生存率（AUC 0.908 vs. 0.795）。
Epidemiologic Trends of and Factors Associated With Overall Survival for Patients With Gastroenteropancreatic Neuroendocrine Tumors in the United States
09-23, doi: 10.1001/jamanetworkopen.2021.24750
【主编评语】胃肠胰神经内分泌肿瘤（GEP-NET）是神经内分泌肿瘤（NET）的一种主要类型。四川大学华西医院的罗峰团队与陆军军医大学新桥医院的孙建国团队在JAMA Network Open上发表的一项最新研究，对美国1975-2015年期间的数据进行分析，发现40年来，GEP-NET的发病率持续增加，尤其是直肠GEP-NET。另外，根据年龄、肿瘤大小、肿瘤分级、肿瘤分期及肿瘤部位，可较准确地预测患者的3年生存率。（@aluba）
Nature子刊：神经内分泌肿瘤的遗传亚型
Nature Communications[IF:14.919]
① 对85名进展期神经内分泌肿瘤（aNEN）患者的肿瘤和外周血样本进行全基因组测序分析，揭示了aNEN的不同基因组亚群；② 与高分化的神经内分泌瘤相比，神经内分泌癌的肿瘤突变负荷较高（平均5.45个突变/Mb），伴随TP53和KRAS等9个主要的驱动基因突变；③ 不同部位的aNEN有不同的驱动基因突变，胰腺源性的以MEN1、ATRX、DAXX、DMD和CREBBP为主，而中肠源性的是CDKN1B；④ 49%的aNEN患者携带可作为治疗靶点的突变，可帮助指导改进aNEN治疗策略。
The genomic landscape of 85 advanced neuroendocrine neoplasms reveals subtype-heterogeneity and potential therapeutic targets
07-29, doi: 10.1038/s41467-021-24812-3
【主编评语】神经内分泌肿瘤是起源于神经内分泌细胞的肿瘤，常见于胃、肠、胰腺等消化系统的组织器官。转移和局部的进展期神经内分泌肿瘤（aNEN）在临床和遗传上都呈现异质性特征。Nature Communications发表的这项研究，通过全基因组测序分析了85个aNEN的基因突变景观，鉴定出不同的aNEN亚型、肿瘤突变负荷模式、驱动基因和潜在治疗靶点。（@mildbreeze）
感谢本期日报的创作者：兵兵，临床营养Dr.Chen，圆滑的铁勺，Jack Chen，刘永鑫-中科院-宏基因组，aluba，Ferryman
点击阅读过去10天的日报：
1017 | 如何吃出好菌群？顶刊必读综述来了(附一图读懂)
1016 | "窝粑粑"背后有多少科学问题？顶级期刊19页综述详解
1015 | 口腔菌可侵入到健康肠道远端？PNAS：尚无证据
1014 | 今日Nature双发：抗生素"打击面"&肠道IgA
1013 | 共生菌如何PK致病菌？5文详解"肠道里的你死我活"
1011 | 中国药大许风国等突破：肠道普雷沃菌如何让化疗失败
1010 | 调菌群抗疲劳？以营养控糖尿病？中国两团队强力发声
1008 | 今日Science/Cell齐聚焦：肠道菌群与癌症
点击阅读原文，查看更多热心肠日报的内容