肠道生物膜：菌群与健康的关键枢纽 | 热心肠日报
今天是第871期日报。
从生物膜的视角看肠道菌群
Trends in Microbiology[IF:11.776]
① 生物膜是细菌形成的聚集体，有利于保护内部细菌，增加竞争优势；② 健康肠道粘膜生物膜的形成有利于促进微生物与宿主间的协同作用，且更可能形成于肠道的隐蔽区域；③ 致病菌生物膜在肠道疾病中起关键作用，如为病原体提供保护环境，逃避宿主免疫，破坏肠上皮细胞，促进伤口感染，导致病情恶化等；④ 含有致病菌的肠道生物膜的变化可能是肠道健康与否的一个重要临界点，可通过鉴定关键菌种及相关代谢物实现肠道疾病早期诊断和靶点治疗。
Bowel Biofilms: Tipping Points between a Healthy and Compromised Gut?
09-12 DOI: 10.1016/j.tim.2018.08.009
微生物暴露如何影响人体健康（综述）
Current Opinion in Microbiology[IF:6.71]
① 胎儿与婴儿期的微生物暴露对于肠道菌群定植、免疫系统和大脑发育至关重要；② 城市化使人们室内微生物暴露时间增加，导致菌群多样性降低；③ 环境微生物“暴露组”（包括饮食、生活方式、化学与物理因子等）影响宿主的微生物组，调控宿主健康；④ “暴露组”样品的采集是分析微生物暴露的关键，整合多组学与元数据分析，将促进机制解析与暴露干预措施制定；⑤ 微生物暴露干预措施要综合考虑剂量、时长与干预窗口期等多种因素。
Microbial exposure and human health
09-05 DOI: 10.1016/j.mib.2018.08.003
7万人追踪16年：抗炎饮食或能促进长寿
Journal of Internal Medicine[IF:6.754]
① 通过对68273位45-83岁的瑞典人进行为期16年的随访，记录到16088人死亡，其中5980人死于心血管疾病（CVD），5252人死于癌症；② 抗炎饮食指数（AIDI）用来对人群饮食情况进行评估；③ AIDI最高与最低的1/4人群相比：全因死亡率、CVD和癌症死亡率分别下降18%、20%、13%，吸烟者中更为明显：分别下降31%、36%和22%；④ 低AIDI吸烟人群与高AIDI不吸烟人群相比，寿命相差4.6年；⑤ 坚持高抗炎饮食可以降低死亡率，延长人们尤其是吸烟者寿命。
Influence of anti‐inflammatory diet and smoking on mortality and survival in men and women: two prospective cohort studies
09-12 DOI: 10.1111/joim.12823
淀粉对口腔健康有何影响
Journal of Dental Research[IF:5.38]
① 对33篇文献（28项研究）进行系统综述，分析总淀粉、快速消化淀粉（RDS）和慢消化淀粉（SDS）对人体口腔健康的影响；② 低质量证据表明总淀粉摄入与龋齿风险间无关联，但RDS摄入可能显著增加龋齿风险；③ 极低质量证据表明总淀粉与口腔癌风险间无关联，低质量证据表明SDS可降低口腔癌风险，RDS和口腔癌的风险关系不确定；④ 极低质量数据表明全谷物淀粉可能减少牙周炎风险；⑤ RDS不利于口腔健康，应多吃全谷、水果和蔬菜中的SDS，限制RDS摄入。
Effects of Starch on Oral Health: Systematic Review to Inform WHO Guideline
08-03 DOI: 10.1177/0022034518788283
南医大等：植物雌激素如何改善切除卵巢大鼠的代谢
Journal of Nutritional Biochemistry[IF:4.414]
① 在大鼠中分析4种植物雌激素对卵巢切除术（OVX）诱导的体重增长和脂肪肝的影响；② 膳食雌激素可抑制OVX导致的大鼠体重增长和葡萄糖不耐受；③ OVX诱导肝脏内甘油三酯积累、脂肪生成基因（SREBP1、ACC1、FAS和SCD1等）表达增加、影响肝脏组织形态，这些变化可被膳食雌激素抑制；④ 膳食雌激素对OVX大鼠脂代谢的改善，与抑制STAT-3信号通路有关；⑤ 在人肝LO2细胞系中，膳食雌激素通过抑制STAT-3/SREBP1信号通路，减少高葡萄糖诱导的脂肪生成。
Blocking of STAT-3/SREBP1-mediated glucose–lipid metabolism is involved in dietary phytoestrogen-inhibited ovariectomized-induced body weight gain in rats
07-05 DOI: 10.1016/j.jnutbio.2018.06.009
Nature子刊：依据细菌共有单拷贝蛋白构建新的生命之树
Nature Biotechnology[IF:35.724]
① 这一分类系统以细菌中普遍存在的120个单拷贝蛋白质（bac120）为基础；② 在对多分组类别消歧后，根据相对演化散度标准化和分级，得到基因组分类数据库（GTDB）；③ 涵盖了94759个细菌基因组，在属、种分辨率水平上描述了99个门，其中不可培养细菌占14.4%；④ 58%在NCBI分类系统中已收录基因组的分类地位有变动，例如新系统中变形菌门重新划为6个不重叠的新类群；⑤ 一些难以确定分类地位的物种（如不可培养微生物）也被系统的整合了进来。
A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life
08-27 DOI: 10.1038/nbt.4229
新型化学探针用于提取肠道菌群的胺类代谢产物
Angewandte Chemie International Edition[IF:12.102]
① 设计合成了一种独特的多功能化学探针（由反应基团-多功能连接臂-断裂位点-间隔链-磁珠组成）；② 该探针可以直接从人体样本中提取氨基酸、单胺类化合物等胺类代谢产物，并在温和条件下重新释放代谢物，进行质谱分析；③ 该方法可显著降低离子抑制，提高质谱灵敏度，将此探针用于人粪便样本分析，得到无基质背景的UPLC-MS谱图；④ 利用该方法在粪便样品中鉴定出4种未知的代谢产物，提示该探针在发现未知生物标志物中的潜力。
Chemoselective Probe Harboring a Unique Bioorthogonal Cleavage Site for Investigation of Gut Microbiota Metabolism
08-31 DOI: 10.1002/anie.201804828
5TB海洋宏基因组数据大餐
Scientific data[IF:5.305]
① 对宏基因组数据进行系统的整理和描述有利于数据挖掘和重复利用；② 整理了来自太平洋和大西洋的610个宏基因组样品，累计＞5TB的测序数据和相关理化性质；③ 其中，GEOTRACES数据集基于科考船在两大洋91个点不同深度（2-10个）取样的480个结果（2010-2011）；④ 另一来自于ALOHA（北太平洋）和BATS（百慕大）两个长期定位实验站两年间（2003-2004）每月在3个深度取样的结果；⑤ 这此数据的提供有望为海洋微生物生态学研究提供新的视点。
Marine microbial metagenomes sampled across space and time
09-04 DOI: 10.1038/sdata.2018.176
感谢本期日报的创作者：玉龙潭，米见对，MAY DAY，小王，yang*^_^*，花开，药农，Adam刘永鑫-中科院-宏基因组
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